A origem do Instituto Florestal remonta ao Serviço Florestal do estado de São Paulo, criado na década de 1910. O Serviço foi uma instituição pioneira na preservação da natureza, com foco em São Paulo, mas também voltado a todo território brasileiro. Após a reestruturação das suas funções, na década de 1970, foi criado o Instituto Florestal, ficando sob sua responsabilidade a gestão e criação de áreas protegidas, além de propor atividades sustentáveis a partir de florestas plantadas. Também fazem parte de suas atribuições o trabalho em torno do melhoramento genético, ecologia da fauna e da flora, recuperação de áreas degradadas, além de atividades de educação ambiental, entre outras. Em junho de 2021, foi criado o Instituto de Pesquisas Ambientais (IPA), resultado da fusão do Instituto Florestal, Instituto de Botânica e Instituto Geológico, que mantém e amplia as atividades de seus antecessores.