Inicialmente criado como “Associação de Crédito e Assistência Rural do Espírito Santo (Acares)”, em 16 de novembro de 1956, tinha como objetivo auxiliar no progresso do agricultor, com a ajuda do crédito rural supervisionado, a fim de ampliar a produção e a produtividade agrícola. Na década de 1970 outras instituições do setor agrícola foram criadas na região capixaba. Em 1973, foi fundada a Empresa Capixaba de Pesquisa Agropecuária (Emcapa), que visava o desenvolvimento do conhecimento científico e tecnológico. Em 1974, foi fundada a Empresa Espírito-Santense de Pecuária (Emespe) e, em 1975, a Empresa de Assistência Técnica e Extensão Rural (Emater), que incorporou a Acares. Em 1999, teve origem a criação da Empresa Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Emcaper), fusão da Emcapa com a Emater. Em 2000, a Emcaper originou o Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper).

Hoje, o Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper) encontra-se vinculado à Secretaria de Estado da Agricultura, Abastecimento, Aquicultura e Pesca (Seag), responsável pelos serviços de pesquisa aplicada, assistência técnica e extensão rural no âmbito do Estado do Espírito Santo.