O Imperial Instituto Baiano de Agricultura foi criado em 1859, por meio do decreto de 1º de novembro de 1859, por D. Pedro II, assim como outros Imperiais Institutos no mesmo período, como parte de um projeto modernizador do Segundo Reinado. Foi regulado por Estatuto assinado por João de Almeida Pereira Filho, Conselheiro do Imperador e Ministro e Secretário de Estado dos Negócios do Império, em Salvador, Bahia. Este e os demais Institutos tinham como principais objetivos fundar escolas agrícolas, introduzir máquinas e instrumentos agrícolas e estudar, por meios de comissões técnicas, os problemas agrícolas, além de propagar o ensino. O Instituto deu origem à Imperial Escola Agrícola da Bahia, criada em 1875.